Durch Bücher und Aufsätze, Vorträge und Tagungen macht sie die Ergebnisse ihrer Forschungen sowohl der städtischen Öffentlichkeit als auch der allgemeinen wissenschaftlichen Diskussion zugänglich. Die FZH arbeitet seit 1997 in der Form einer Stiftung bürgerlichen Rechts, die von der Freien und Hansestadt Hamburg getragen wird. Seit 2000 ist sie eine wissenschaftliche Einrichtung an der Universität Hamburg.